Heinrich Milde wurde 1676 in Schlagenthin im Herzogtum Magdeburg geboren. Nach dem Schulbesuch in Brandenburg und Berlin und einer Stellung als Informator in Zolchau kam er 1699 nach Halle. Hier fand der Zweiundzwanzigjährige im Halleschen Waisenhaus Aufnahme als Informator und begann ein Theologiestudium. Bis 1711 unterbrach er aus gesundheitlichen Gründen mehrmals sein Studium und nahm eine Informatorenstelle im südlichen Vogtland an, um von dort aus mehrere Reisen ins nahe gelegene böhmische Karlsbad zu unternehmen. In diese Zeit fallen seine ersten tschechischen Sprachstudien und er berichtet von Bücherschenkungen, die den Grundstein für seine umfangreiche Sammlung tschechischer Bücher bildeten.
1711 kehrte Milde wieder nach Halle zurück und setzte seine Sprachstudien fort. Neben dem Tschechischen beschäftigte er sich mit der russischen und der sorbischen Sprache und gewann Einblicke in die ungarische, estnische und lettische Sprache. Oftmals geschah das durch Kontakte zu Studenten aus dem slawischen Raum. Mit einigen verband ihn eine lebenslange Freundschaft, wie z. B. mit dem Slowaken Mátyás Bél (1684–1749) und dem aus dem Baltikum stammenden Caspar Matthias Rodde (1689–1743).
In den Folgejahren wurde er einer der engsten Mitarbeiter Franckes, der für die Pflege der slawischen Sprachen und die im Waisenhaus gedruckten Übersetzungen verantwortlich war. Milde kümmerte sich um die Edition und den Vertrieb der slawischen Drucke, wobei die tschechischen Drucke den größten Anteil ausmachten. In hohen Auflagen wurden religiöse Schriften zur Unterstützung der Protestanten in den Habsburgischen Ländern sowie für die böhmischen Exulanten in der Lausitz gedruckt.
Nach seinem Tod im Jahr 1739 hinterließ er zum Dank für die ihm erwiesenen Wohltaten seine etwa 400 Bände umfassende Büchersammlung der Bibliothek des Halleschen Waisenhauses, darunter zahlreiche tschechische Drucke.